Program Ochrana velkých šelem se začal formovat koncem 90. let 20. století, v roce 2000 byl oficiální součástí výběrového řízení programu Ochrana biodiverzity. Národní program Ochrana biodiverzity vznikl roku 1997, od počátku 90. let se postupně formoval do dnešní podoby.

Program Ochrana velkých šelem je zaměřen především na získávání informací o výskytu rysa, vlka a medvěda, podpůrné činnosti na jejich ochranu a propagace ochrany těchto šelem.

Program Ochrana biodiverzity je jedním z programů Českého svazu ochránců přírody zahrnující ochranu druhů.

Program Ochrana biodiverzity pravidelně finančně podporují Ministerstvo životního prostředí a Lesy České republiky, s. p. – generální partner programu.